Afhankelijk van de dikte van het haar kan er na de operatie tijdelijke haarverdunning optreden in het donorgebied. Dunner haar vertoont meer zichtbaarheid, terwijl dikker haar minder wordt beïnvloed. Dit herstelt meestal na drie tot vier maanden.

Tien tot vijftien procent van het getransplanteerde haar kan uitvallen. Met medicijnen is occasionele postoperatieve pijn goed te verlichten. Tijdens de operatie wordt lokale verdoving gebruikt. In zeldzame gevallen kunnen patiënten symptomen ervaren, zoals duizeligheid.

Meestal verdwijnt tijdelijk verminderde gevoeligheid in het donorgebied binnen één tot vier maanden. Enkele dagen na de operatie kan de behandelde huid lichte irritatie vertonen. Zelden kunnen wondinfecties of ontstekingen optreden; indien nodig kunnen antibiotica worden gebruikt voor behandeling.